Hyperspectral imaging for presumptive identification of bacterial colonies on solid chromogenic culture media
author：Mathilde Guillemota,Rony Midahuena, Delphine Archenyb,Corine Fulchironb,Regis Montvernaya,Guillaume Perrina, Denis F. Leroux*a aTechnology Research Department, Innovation Unit,bioMérieux SA, Marcy l’Etoile, France； bR&D Microbiology,bioMérieux SA, La Balme les Grottes,France
BioMérieux致力于研究自动化微生物学实验室，以降低成本 (更少的人力和耗材), 提升性能 (提升灵敏度,机器算法)，并通过优化临床实验室工作流，获得可追溯性。在这项研究中， 我们评估了采用高光谱成像技术（HIS）代替人类视觉观测微生物培养解读的可能性。在显色培养基中培养24小时后，通过分析，微生物菌落从19种被过滤细分为6种显色种类(chromID® CPS Elite, bioMérieux, France)。高光谱成像技术在400-900纳米光谱区域采用线阵扫描分析，利用线性混合像元分解算法，并使用专门的漫反射光谱（DRS）作为输入数据，我们采用完全自动化的方法，获得组内100%的分类精度，并没有采用形态信息。为了简化仪器，我们采用了判别力最强的14个光谱通道（多光谱模型之一）或者3个通道（RGB图像模型）评估退化的DRS性能。结果发现，多光谱模型的整体分类性能保持不变，但RGB预测模型退化，这意味着，多光谱解决方案将会带来改善菌落识别的答案。
![应用高光谱成像技术鉴定固体显色培养基菌落]( "应用高光谱成像技术鉴定固体显色培养基菌落")
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文献来源：Leroux ProcSpie98873L.pdf